本发明涉及一种月牙阵列导流截污净化系统，包括沿着水流方向在河道内依次间隔布设的若干月牙阵列导流截污净化组，每个月牙阵列导流截污净化组包括石笼网底座、月牙笼和生态浮岛；在石笼网底座内填充有石块；月牙笼编织在石笼网底座的上方，并沿着石笼网底座的两条长边等距间隔阵列成两列，每个月牙笼倾斜设置，并一正一反交叉摆放，左右两列月牙笼的数量相差一个，且两列月牙笼左右错位设置；在每个月牙笼填充有粒径20mm—30mm的生物陶粒，在月牙笼的底部编织有人工水草；生态浮岛居中放置在两列月牙笼之间。该系统对河道内水质具有导流、截污、净化的综合处理效果，能显著提高水体环境的生态修复效果，且易于施工。