本发明提供了一种基于DNA算子和混沌系统的S盒构建方法，包括以下步骤：S1：预先构建一个混沌系统和DNA变换盒，并用其生成8位二进制数；S2：构建一个16×16的S盒矩阵，矩阵中的每个元素为一个8位二进制数，并依次利用步骤S1生成的且相互不重复的8位二进制数填充；S3：对S盒矩阵进行扰动变换和DNA运算，得到最终的S盒输出。其效果是：本发明通过DNA算子和混沌系统相结合，同时再进行扰动，使得S盒随机性能更强，抗破译能力更高，有效提升加密系统的安全性能。