本发明公开了一种基于飞秒激光直写FBG阵列的掺铒光纤激光器，包括传感光纤，传感光纤上设有波分复用器、C波段掺饵光纤、L波段掺饵光纤、偏振控制器、光纤环形器、耦合器、泵浦源、光谱仪、FBG阵列、宽带反射镜；其中，FBG阵列通过飞秒激光直写单模光纤制得，单模光纤的纤芯刻写有三个并列的FBG光栅，且三个FBG光栅长度相等、反射波长不同。本发明采用飞秒激光透过光纤保护层在不除去涂层的单模光纤中直写周期分别为538nm、542nm和547nm且并列设置的光纤布拉格光栅作为选频器件，结合C波段和L波段掺铒光纤、泵浦源、偏振控制器及宽带全反镜构成线形腔光纤激光器，实现了波长可切换的单波长及双波长激光输出，且抑制了激光光谱中的边模，提高了波长稳定性。