本发明提供一种自动识别设备间网络拓扑结构的系统，包括：数据源选择模块，用于选择相应的数据源进行连接；数据采集模块，用于利用数据源选择模块连接的目标网络系统的数据源进行数据采集；拓扑识别模块，用于接收数据采集模块采集的数据，并基于数据自动识别设备间网络拓扑结构生成拓扑结构信息和诊断信息；数据输出模块，用于将拓扑识别模块生成的拓扑结构信息和诊断信息以通用的数据格式输出给第三方接口或设备。本发明的自动识别设备间网络拓扑结构的系统：它不仅能实现对同一网络下数据包的完整采集并分析拓扑结构，还能将识别到的拓扑结构数据对外传输给第三方，以便进行定制化的应用。