本发明提供了一种全自动显微扫描设备，包括：承载座、驱动组件和自动镜检组件，驱动组件包括升降出盒部件、升降收盒部件和分片横移部件，所述升降出盒部件和所述升降收盒部件均包括固定座、升降导向板、升降驱动件，所述升降驱动件包括升降驱动电机、升降传送带和升降盒，所述样本载玻片设于所述升降盒内；所述分片横移部件包括支撑座、横移固定杆和横移驱动件，所述横移驱动件包括横移驱动电机、横移传送带和驱动挡板，所述自动镜检组件包括自动显微镜和限位座。本发明通过自动进行样本载玻片的上下料的驱动、扫描工位的驱动和自动扫描，提高了扫描效率，有效的防止了由于采用人工手动进行上下料驱动、扫描工位的驱动导致的扫描效率低下的问题。