本发明提供了一种使用基于混沌的随机时钟的加密方法及装置，属于信息安全领域。系统采用自上而下一体化的设计方案，由晶振、锁相环PLL1、锁相环PLL2、伪随机序列生成模块、混沌映射控制模块、扰动生成模块、明文输入模块、加密模块、密钥扩展模块、密文输出模块十个部分组成。一种使用基于混沌的随机时钟的加密方法及装置，采用普通线性反馈移位寄存器、混沌映射控制和密文反馈三方面结合的方式生成随机时钟，有效提高随机时钟的安全性，能够有效抵抗能量攻击和电磁攻击。本发明可以应用在保密的硬件存储设备的静态加密、微波或光通信链路、计算机终端的接受或者发射端口等工业和技术生产中。