本发明公开了一种磁悬浮高速电机的一体化控制系统及其控制方法，用于控制采用磁悬浮轴承支撑的高速电机，该一体化控制系统包括控制电路板、功率放大器以及传感器，所述的控制电路板包括AC/DC电源转换模块、信号处理芯片以及A/D模数信号转换芯片；所述的功率放大器包括整流模块、直流母线排、磁悬浮轴承开关器件以及变频器开关器件；所述传感器包括用于检测磁悬浮轴承的转子位置信号的位移传感器、用于检测磁悬浮轴承线圈电流信号的第一电流传感器、用于检测高速电机绕组线圈电流信号的第二电流传感器。因此，本发明将原本独立的磁悬浮轴承控制系统与电机变频器进行了整合，并省去了两者间的通讯设备。不仅操作简便，而且节约了成本。