本发明公开了一种带有位移传感器自动标定功能的磁悬浮轴承数字控制器，不但可以实现主动磁悬浮轴承的控制，还可以自动补偿差分式位移传感器的偏移量。该控制器包含六个部分：DSP芯片、电源模块、加法电路、D/A芯片、位移传感器接口电路以及控制信号输出接口电路。DSP芯片采集转子的位移信号，完成控制算法，并将控制信号通过控制信号输出接口电路输出给功率放大器完成对磁悬浮轴承的控制。同时，自动标定的功能在DSP芯片中编程实现，而加法电路与D/A芯片用来辅助DSP芯片完成对差分式位移传感器偏移量的补偿。