本发明属于航空航天技术领域，具体公开一种基于双向确认的数据传输系统及方法，该系统由数据发送模块及数据接收回传模块组成，数据发送模块由数据生成模块、数据传输模块、数据传输3遍重传模块及数据比对模块组成，数据接收回传模块由数据接收模块、数据回传3遍重传模块及数据回传模块组成；该方法包括：数据生成模块将生成的数据传输给数据传输模块，数据传输模块与数据发送模块之间数据发送，数据接收回传模块进行数据接收回传，数据比对模块将数据传输模块传输的数据和数据回传模块回传的数据进行比对。本发明能及时容错并重新发起数据传输，保证航天器运行过程中数据传输的连续性和完整性，从而保障航天器运行的持续性、可靠性和安全性。