一种显微镜自动调焦方法，利用可用电压控制焦距的液体透镜安置于显微镜光路中作为变焦元件，同时利用相机捕捉显微图像并传输到计算机进行聚焦评价，找到显微图像处于最佳聚焦状态时的液体透镜电压，然后利用液体透镜的电压?焦距曲线反算出当前被观察物体距离显微镜焦平面的距离，利用精密电动升降台移动被观察物体到显微镜焦平面处，同时液体透镜驱动电压恢复初始值。由于在自动对焦前后，显微镜结构并未发生变化，因此可以保持放大率不变，同时本发明利用液体透镜作为测距元件，充分利用了液体透镜响应速度快，迟滞小的优点，解决了传统用移动升降台自动调焦时调焦慢和不准的问题。