本发明公开一种用于显微数字图像大视野采集的全自动快速聚焦方法，所述方法包括以下步骤：拍摄载玻片上样本的整体图像，使用图像算法识别出样本轮廓，得到样本区域；从样本区域中选择有样本且非共线的三个位置，分别对这三个位置基于清晰度评价函数进行Z轴的对焦操作，记录各自焦面相对于Z平面零点位置的高度；根据三个位置的焦面高度，得到样本空间平面方程；而后进行显微数字图像大视野采集，根据采集区域的中心位置及样本平面方程，计算得到该位置下聚焦对应的焦面调整高度，从而实现该区域的快速聚焦。本发明相比于每个采集区域都基于清晰度评价函数来调整焦平面的方法，在保证图像采集质量的同时，大大加快了采集的速度。