本发明提供一种掩膜版的处理系统，该系统包括：紫外线垂直配向UV2A露光装置、掩膜版检查装置、处理装置；掩膜版检查装置分别与UV2A露光装置、处理装置连接；UV2A露光装置，用于获取待选掩膜版；掩膜版检查装置，用于对待选掩膜版进行检查，获取多个目标掩膜版；处理装置，获取每个目标掩膜版的划痕检查结果，并根据每个目标掩膜版的划痕检查结果，对每个目标掩膜版进行处理。本发明提供的掩膜版的处理系统能够主动获取具有划痕的多个目标掩膜版，并根据目标掩膜版的划痕检查结果对掩膜版进行处理，提高了处理效率。