本发明提供了一种带主动扭转控制的仿生飞行器，包括机身和扑翼，机身包括通过固定轴连接的前固定框和后固定框，前固定框上装有扑翼传动齿轮；扑翼包括扑翼骨架和固定在扑翼骨架上的若干翼肋，蒙皮固定在翼肋上沿扑翼骨架延伸；扑翼传动齿轮通过传动装置与扑翼骨架相连。扑翼传动齿轮外圆上装有一块磁铁，前固定框上装有感应磁铁的霍尔传感器；扑翼骨架包括舵机支架、舵机和扭转轴，其中舵机支架与传动装置相连，舵机安装在舵机支架上，扭转轴与舵机固定；翼肋包括固定在舵机上的固定翼肋和固定在扭转轴上的若干扭转翼肋。本发明通过控制蒙皮的柔性变形大大改善扑翼的气动性，能使之更接近鸟类翅膀柔性扑动真实情况，提高了承载能力和续航能力。