本发明公开了一种基于不完全测量的三层基础隔震系统快速损伤检测方法，属于结构健康监测领域。本发明方法包括：根据所述三层基础隔震系统的现场实际情况及理论要求，确定系统剪切方向上激励点与振动响应测量点的位置；在选定的系统测量点上布置加速度传感器，构成传感器网络；在选定的激励点上对系统进行有效激励，与此同时测量其加速度响应数据；对测得的加速度响应数据进行递推求解，获得系统实际结构参数信息，并与其完好时的参数信息相比较，计算损伤指标，完成三层基础隔震系统的快速损伤检测。相比现有技术，本发明通过较少数量的测量信息即可快速方便地实现三层基础隔震系统的定量检测。