本发明公开了一种基于光束整形的结构光生成装置和方法。激光器发出线偏振光依次经电光强度调制器、半波片和第一扩束镜后入射到第一偏振分光棱镜发生透射和反射，透射光束依次经光束整形镜、光学延迟线和第一反射镜后形成平行环形光束并从第二偏振分光棱镜中透射，反射光束依次经电光相位调制器、第二反射镜和第二扩束镜后从第二偏振分光棱镜反射并与透射光束合为一束光，再经过偏振片调节为偏振方向一致的光束，最终经聚焦镜聚焦在焦平面处发生干涉。本发明消除了传统结构光生成方式或分区调制方法中边缘衍射或狭缝衍射等衍射效应对系统造成的不利影响，提高了光能利用率和调制的效率，能够明显提升荧光显微图像的信噪比和成像效果。