本发明公开了一种自动对焦的系统，包括低相干光源、光纤耦合器、参考臂光路系统、样品臂光路系统、电脑处理终端和光电探测器，所述参考臂光路系统包括第一准直镜和反射镜，所述第一准直镜和反射镜通过光线连接，所述样品臂光路系统包括相机、第二准直镜、半反半透镜和平场聚焦镜，所述第二准直镜通过半反半透镜的反射面与平场聚焦镜光线连接，所述相机用于接收所述半反半透镜的透射光；本发明基于迈克尔逊干涉仪原理设计了一种快速、精准的自动对焦的方法及系统，其对焦空间分辨率可达到微米级，使用直线运动的参考臂光路系统，能实现快速且连续的线阵光程扫描，同时受外界环境影响极小，可在各种明暗光线环境下正常使用，实用性较强。