本发明提供一种探头式共聚焦显微内窥镜的对焦装置，包括固定座、身份匹配模块、物镜位移调整机构、主控芯片，所述固定座上设有插头安装座，所述身份匹配模块包括身份信息记录模块、身份信息识别模块，所述身份信息识别模块设置于所述插头安装座上，所述身份信息记录模块设置于传像光纤束的近端插头上，当所述传像光纤束的近端插头插入所述插头安装座上时，所述身份信息识别模块读取所述身份信息记录模块上的探头身份信息，主控芯片分别与所述身份信息识别模块及物镜位移调整机构相连，用于根据所述身份信息识别模块上的探头身份信息向所述物镜位移调整机构提供对焦位置以将物镜调整到对焦位置处。本发明还提供一种对焦方法及共聚焦显微内窥镜。