本发明提供一种基于天文望远镜主动光学系统的复合因子优化方法包括如下步骤：步骤1：基于有限元模型并通过阻尼最小二乘法获得主镜的理论校正力{Fη}：{Fη}＝‑([C]T[C]+p[I])‑1[C]T{δ}，其中，[C]为从有限元模型的总柔度矩阵中提取的矩阵，[I]为单位矩阵，{δ}为位移矢量，p为阻尼因子；设定实际校正力为(FS)，则有：{FS}＝κ{Fη}，其中，κ为线性因子；步骤2：利用零阶优化法对优化变量p和κ进行优化，得到第一优化解；步骤3：基于步骤2得到的第一优化解，并利用一阶优化法进一步地优化，得到第二优化解。本发明提供的基于天文望远镜主动光学系统的复合因子优化方法采用深度学习的方法以阻尼因子p和线性因子κ为优化参数并综合了零阶和一阶优化法优点，可以得到更高精度的优化解。