一种显微镜系统及测序系统，显微镜系统包括：载物平台，包括载物面；与载物平台相对设置的透光的物镜安装件，物镜安装件包括与载物面相对的物镜安装面；设置在物镜安装件一侧的光源，该光源发射的光束经过分划板到达物镜安装面或者到达载物面，所称的分划板具有至少一个标识图案；以及设置在物镜安装件上方的相机，相机用于获取物镜安装面反射的所称的光束形成的标识图案的第一像，及获取载物面反射的所称的光束形成的标识图案的第二像。上述显微镜系统中，相机获取光源的发射的光线经过不同平面反射后形成的像，从而可以根据像的重合度检测判断载物面与物镜安装面是否平行，过程简便，提高了检测在载物面与物镜安装面是否平行的效率。