本发明属于用目视或照相检查人体的腔或管的仪器技术领域，公开了一种基于空间光编码器联结的契伦科夫内窥镜系统，包括信号收集模块、信号传输模块、信号连接模块、信号探测模块和控制与计算模块；信号连接模块由空间光编码器实现光信号的编码传输。本发明针对契伦科夫内窥镜系统中，契伦科夫荧光信号微弱导致难以检测的问题，使用空间光编码器对信号光进行处理，将宽场信号编码成单点时间序列信号，使用高灵敏度单点微弱光信号探测器进行采集，提高了采集效率和系统灵敏度，并使用隔光材料对模块进行整体封装保护，对工作环境的适应性良好。本发明结构简单实用，信号收集效率高，系统灵敏度高，能够促进契伦科夫内窥镜的临床转化。