本发明涉及一种柔性光波导及其制备方法，包括：提供基板，并在基板上依次形成牺牲层和第一光限制层；在第一光限制层上形成光刻胶层，再对光刻胶层进行曝光、显影，以曝露第一部分的第一光限制层；在剩余的光刻胶层上覆盖光传输层，得到至少一个光传输单元；在光传输单元上覆盖第二光限制层，得到预制体；提供柔性衬底，将预制体转印于柔性衬底上，得到柔性光波导。该柔性光波导包括柔性衬底以及依次形成于柔性衬底上的第一光限制层和第二光限制层，第一光限制层和第二光限制层之间包埋有至少一个光传输单元。本发明柔性光波导是一种类皮肤超薄光波导，可以实现柔性电子器件的高度集成且微型化，用于柔性可穿戴医疗电子器件时可以提高人体舒适感。