本发明涉及一种基于空间偶极子阵的三维多焦斑阵列的产生方法，首先采用两个高数值孔径（NA，NumericalAperture）透镜组成4π聚焦系统；接着在4π聚焦系统的焦区放置一虚拟的空间偶极子阵；然后两个所述高数值孔径透镜将空间偶极子阵的全部辐射场从像空间完全收集并准直到光瞳面，通过求解逆问题得到光瞳面上的电场分布；最后将光瞳面上的场分布视为入射场并逆向传输到焦区，在高数值孔径透镜的焦区附近产生具有预定特性的三维多焦斑阵列。本发明利用空间偶极子阵列的辐射场产生三维多焦斑阵列时无需冗长的迭代优化过程，且每个焦斑外形和强度相同，数量可控，位置和间隔可定制。