本实用新型公开了一种荧光显微镜的遮光装置包括遮光挡片导向盖、遮光挡片导向齿轮、至少一个遮光挡片、驱动输出齿轮和电动机；遮光挡片的顶面设有一上导向凸体，遮光挡片的底面设有一下导向凸体；遮光挡片导向盖的底面开设有与上导向凸体数量相等且一一对应地被上导向凸体嵌入的第一导向槽，遮光挡片导向盖开设有中心透光口；遮光挡片导向齿轮设有第一透光通孔；遮光挡片导向齿轮的顶面开设有与下导向凸体数量相等且一一对应地被下导向凸体嵌入的第二导向槽；遮光挡片导向齿轮与驱动输出齿轮进行齿轮啮合。本实用新型结构简单，操作方便，适用于不同安装尺寸的荧光显微镜，可以在显微镜实验过程中可以解放双手。