本发明公开了一种分步式双级矩阵变换器停机保护控制方法。该方法改变了以往双级式矩阵变换器在发生过压、过流故障时，直接关断所有开关管，并通过箝位保护电路为逆变级负载电流提供续流通道的做法；而是采用一种分步式的控制方法，在检测到过压、过流故障后，根据故障发生瞬间的变换器开关状态，选择适当的方式，逐步关断主功率电路的所有开关管，其停机过程的每一步均为逆变级负载电流提供有效的续流通道。这种方法原理简单，易于实现，既能实现安全的停机保护，又可免除额外的箝位电路等装置，降低双级矩阵变换器系统的硬件成本。