一种磁悬浮分子泵用磁轴承与电机一体化控制系统，包括DC/DC电源模块、电机与磁轴承一体化控制装置、信号隔离功放电路、电机功率主电路、电机电流电压检测与反电势过零检测调理电路、霍尔传感器检测电路、磁轴承电流位移检测电路，电机功率主电路包括三相整流电路、Buck斩波调压电路和三相逆变桥电路，电机与磁轴承一体化控制装置包括霍尔传感器接口电路、反电势过零信号接口、电机控制信号接口电路、电机电流电压传感器信号接口与调理电路、磁轴承控制信号与电流信号接口、磁轴承位移信号接口与调理电路、DSP+FPGA控制单元。本发明的电机与磁轴承控制系统一体化设计，具有装置体积小、硬件资源利用率、可靠性高等优点。