本发明公开了一种可脱网运行的微机保护系统，包括微机继电保护装置、能源切换模块、能源采集模块，能源采集模块为风电子模块、水电子模块、光电子模块中的至少一种或多种，能源切换模块由控制器、继电器驱动芯片、电信号采集模块、多个功率继电器构成，控制器通过继电器驱动芯片与各个功率继电器控制连接，由各个功率继电器的常开触点在电源电网、能源采集模块中各个子模块与微机继电保护装置之间构建供电链路。本发明中可保证微机保护装置持续脱网运行。