本发明公开了一种高能等时性FFAG加速器径向靶结构，该径向靶结构包括靶杆、靶头、以及径向靶驱动装置，该靶杆为布设在真空室内部的真空室横梁支撑管道，该真空室横梁支撑管道沿加速器径向分别焊接在对应的真空室侧壁上；该靶头通过径向靶驱动装置的环形磁芯可移动地套接在真空室横梁支撑管道外表面；所述径向靶驱动装置驱动靶头沿着真空室支撑横梁管道作直线往复运动；所述径向靶驱动装置采用磁耦合原理，通过设置在其圆磁芯和环形磁芯之间的真空室横梁支撑管道、以及圆磁芯和环形磁芯之间的间接驱动，进而实现真空室运动部件与外界大气隔绝，提高了加速器内部真空度，且有效节省加速器以外的测量空间。