本发明实施例提供了一种通孔结构的制备方法，包括：提供包括第一堆叠层的基底结构；刻蚀第一堆叠层，形成第一通孔；在第一通孔底部形成外延生长层；在第一通孔内形成刻蚀阻挡层，刻蚀阻挡层至少覆盖外延生长层的表面；在第一通孔内形成填充结构；在第一堆叠层上形成第二堆叠层；刻蚀第二堆叠层，形成连通第一通孔的第二通孔；刻蚀以去除第一通孔内的填充结构；其中，刻蚀阻挡层的材料与以下任意之一的材料之间的刻蚀选择比满足刻蚀阻挡要求：第二堆叠层、填充结构、填充结构的氧化层。此外，本发明实施例还提供了一种三维存储器的制备方法，包括上述通孔结构的制备方法中的步骤。