本发明公开了一种计算机网络安全智能控制系统，包括网络安全评估模块、安全防护模块和网络安全服务模块，网络安全评估模块对数据进行评估并将评估结果传输至安全防护模块和网络安全服务模块，传输至安全防护模块和网络安全服务模块对数据进行处理，网络安全评估模块由系统漏洞扫描单元和网络管理评估单元组成，安全防护模块由病毒管理评估单元、网络访问控制单元、网络监控单元和数据保密单元组成，网络安全服务模块由应急服务单元、数据恢复单元和安全技术单元组成，其中系统漏洞扫描单元和病毒管理评估单元连接有隔离运行模块。本发明采用评分的方式对病毒的危险程度进行区分并进行针对性的处理，能够提高病毒处理的效果。