本发明公开了一种原子层热电堆热流传感器的封装结构及封装工艺，其封装结构包括：基座；封装套，其与基座之间为紧密配合；敏感元件，其固定于基座上，且其外表面与封装套上端面齐平；引线孔Ⅰ，其位于基座中，且设置在基座上端；敏感元件的结构包括：钛酸锶晶片，其上开设有引线孔Ⅱ，引线孔Ⅱ位于引线孔Ⅰ正上方；热电效应薄膜，其沉积在钛酸锶晶片上；导电金膜，其沉积在钛酸锶晶片上，且位于热电效应薄膜两端；导线槽，其开设在基座中；银导线，其固定在导线槽中，且银导线穿过引线孔Ⅰ和引线孔Ⅱ，本发明提供的热流传感器封装结构及封装工艺避免了大深径比的细小孔加工难度，实现了导线的有效固定。