本申请提供一种基因芯片载片制作方法、基因芯片，所述方法中先提供载片，在载片上形成掩膜板，暴露出需要进行表面处理的部分，然后采用等离子体处理对暴露的载片表面进行表面处理，使其表面形成悬挂键，后续再沉积目标物质后，目标物质与悬挂键结合，形成目标物质对应的官能团。由于本发明中采用等离子体刻蚀工艺对载片表面进行表面处理，属于干法刻蚀工艺，相对于现有技术中的湿法腐蚀工艺，能够精确控制刻蚀程度，从而保证载片上固定探针的区域轮廓清晰，相邻区域之间独立相互影响较小，进而能够进一步提高探针固定区域的密度，提高探针密度。由于载片上相邻区域的独立性较强，在基因检测过程中，杂交信号的信噪比也能够相应提高。