一种晶圆级系统封装方法及封装结构，封装方法包括：提供第一器件晶圆，第一器件晶圆中形成有多个器件以及各器件周边的多个第一焊垫，第一焊垫与器件电连接；在第一器件晶圆上形成与第一焊垫电连接的第一导电凸块，第一导电凸块形成在第一焊垫上，或朝器件内部分布，形成有第一导电凸块的面为器件晶圆正面；提供芯片；在芯片上形成第二导电凸块；将芯片背面贴合于器件晶圆正面上，第一导电凸块顶面高于芯片正面；在器件晶圆正面上形成填充于芯片和第一导电凸块之间、且露出第一导电凸块和第二导电凸块的封装层；在封装层上形成互连结构，互连结构与第一导电凸块和第二导电凸块电连接。本发明实施例有利于提高封装结构的电连接性能和封装性能。