本发明提供了一种晶圆键合工艺的气泡缺陷检测方法及系统和半导体器件的制造方法，所述晶圆键合工艺的气泡缺陷检测方法包括：提供上层晶圆和下层晶圆，所述上层晶圆和下层晶圆键合形成晶圆键合结构；对所述上层晶圆和/或下层晶圆进行减薄处理；以及，选用合适波长的检测光穿透减薄后的所述上层晶圆和/或下层晶圆，并通过选用具有合适倍率和/或景深的检测镜头来检测所述晶圆键合结构的键合界面是否存在气泡缺陷，其中，所述检测镜头在所述检测光下的成像焦平面覆盖在所述晶圆键合结构的键合界面。本发明的技术方案使得在减薄工艺之后快速且准确地检测到晶圆键合结构的键合界面上的气泡缺陷，避免导致批量产品异常，进而提升产品良率。