本申请涉及集成电路技术领域，公开了一种FPGA配置电路的启动系统及其方法。该系统包括三输入选择器、地址和模式产生模块、闪存读取控制逻辑模块、校验模块、地址获取模块和下载失败计数模块；通过三输入选择器选择输出下载地址给地址和模式产生模块，以产生下载地址及其下载模式参数，闪存读取控制逻辑模块根据该下载地址及其下载模式参数从闪存下载数据，校验模块对闪存读取控制逻辑模块下载的数据进行校验，判断是否下载失败，下载失败计数模块根据校验模块的输出结果对下载失败次数进行计数，并根据计数的结果控制三输入选择器输出对应的下载地址，地址获取模块在校验模块判定第三地址及其下载模式参数下载成功时，存储该第三地址。