一种多维动态主动变体扑翼飞行器，包括机身、扑翼、尾翼、作动系统和控制系统，主要仿鸟翼骨骼在飞行扑动周期中的复杂变形。所述作动系统中的扑翼变体机构，包括翼蒙皮、肱骨支杆、桡骨支杆、尺骨支杆、掌骨支杆、变体舵机、变体拉杆及支杆间连接的铰链；变体机构与扑翼上下扑动机构在控制系统程序控制下作同步运转：当扑翼向下扑动时，扑翼前缘骨架呈平直展开状态，扑翼面积增大，增加升力；当扑翼向上扑动时，扑翼前缘骨架呈多折和展向收缩变形状态，扑翼面积减小，减小阻尼力；在每次扑动周期中，实现扑翼动态变体扑动，从而可以实现仿大鸟的高效率飞行。