本发明公开了一种MEMS器件的制造方法，包括步骤：步骤一、提供第一硅晶圆并形成限制结构和键合衬底层；步骤二、在限制结构和键合衬底层的侧面形成介质层侧墙；步骤三、形成第一键合层；步骤四、进行光刻形成第一光刻胶图形，进行硅刻蚀在形成沟槽并由此形成MEMS器件的主体部分，介质层侧墙使第一光刻胶图形具有中央区域比边缘区域薄的结构；步骤五、提供形成有CMOS集成电路的第二硅晶圆，第二硅晶圆表面的顶层金属层为第二键合层；步骤六、将第一和第二键合层接触并进行共晶键合形成共晶健合结构。本发明能在MEMS器件的沟槽的刻蚀中使光刻胶同时满足沟槽的较小宽度的要求以及对硅晶圆的边缘区域的保护的要求。