本发明公开了一种MEMS器件，包括：MEMS器件的主体部分形成于第一硅晶圆上，CMOS集成电路形成于第二硅晶圆上。第一和第二硅晶圆之间通过共晶健合结构实现共晶健合；共晶健合结构的第一键合层包括形成于第一硅晶圆上的锗层，第二键合层为形成于第二硅晶圆表面的顶层金属层；在第一硅晶圆上还形成有由第一介质层进行光刻刻蚀同时形成的限制结构和键合衬底层，第一介质层的刻蚀的面内均匀性大于硅刻蚀的面内均匀性，第一键合层形成在键合衬底层的表面并延伸到外部的硅并形成和硅的接触。本发明还公开了一种MEMS器件的制造方法。本发明能提高器件的面内均匀性，从而提高器件的性能。