本发明属于集成电路设计领域，具体涉及一种基于FPGA自动更新布局布线的方法及系统。该方法包括：生成更新配置文件；根据所述更新配置文件和原始位流文件生成更新位流文件；将所述更新位流文件加载到FPGA上。该系统包括：功能测试模块，用于生成更新配置文件；自动布局布线模块，用于根据所述更新配置文件和原始位流文件生成更新位流文件；下载模块，用于将所述更新位流文件加载到FPGA上。本发明通过集合自动布局布线模块与功能测试模块，使得FPGA系统实现自动更新布局布线的功能，使得更新布局布线的过程不需要人为参与或软件参与，提高FPGA芯片设计可靠性。