本发明提供了一种MEMS器件晶圆级系统封装方法以及封装结构。所述方法包括：提供MEMS芯片，在所述MEMS芯片上形成有MEMS器件和位于所述MEMS器件外侧的第一密封环；提供承载晶圆，在所述承载晶圆上形成有与所述第一密封环上下对应的第二密封环；通过所述第一密封环和所述第二密封环将所述MEMS芯片与所述承载晶圆接合，以在所述MEMS芯片和所述承载晶圆之间形成容纳所述MEMS器件的密闭的空腔。本发明的所述方法不仅能满足对于器件的气密性要求，可以达到各个传感元件间的高效连通，同时可从封装单个器件提升到单次晶圆级封装的水平，制备效率更加高效，不仅可以防止器件的物理损耗，还可以保护其避免外界环境的干扰，有利于器件的性能和长期稳定性。