本发明提供一种晶圆级系统封装方法以及封装结构。所述方法包括：提供承载晶圆，在所述承载晶圆上粘结芯片；在所述承载晶圆上形成键合材料层，以覆盖所述芯片并作为封装层；提供形成有芯片的器件晶圆，并将所述器件晶圆形成有芯片的面与所述承载晶圆经所述键合材料层相接合；形成将所述承载晶圆上的芯片和/或所述器件晶圆上的芯片电性连接到表面的插塞。本发明的封装方法在晶圆上完成封装制造，既完成了多种芯片的集成，又实现了在晶圆上完成封装制程等制造优势。由本发明的晶圆级系统封装方法制备获得的封装结构同样具有更高的性能和良率。