本发明公开了一种提高光片上缺陷到图形层定位精确度的方法，根据电子束扫描观察缺陷结果给硅片添加最小的重复的完整单元信息，再根据最小的重复的完整单元原始的完整单元原点的设置，重新给每个缺陷一个坐标，以此来提高到后续有图形层硅片晶圆的定位。本发明能自动添加最小的重复的完整单元信息，提高裸晶圆到后面有图形层中缺陷定位的精确度。