本申请公开了一种运动控制系统的可配置方法及装置，所述方法包括：通过采集编译好的多个二进制文件；将多个二进制文件存储到对应的分区；将多个分区与集成电路一一进行匹配，使各个集成电路读取对应的二进制文件分区中二进制文件的映像文件。与现有技术相比，本发明采用了将多个二进制文件分别存储到多个分区，并将分区分别与多个集成电路进行匹配的方法，从而省去了集成电路的配置芯片，克服了现有技术中需要通过烧写工具进行程序写入的问题，进而提高了集成运动控制系统的生产效率。除此之外，通过更新引导程序，从而实现整个集成运动控制系统的升级，且当某一分区出现问题时，还可以从备份文件中回复，使得集成运动控制系统更加方便易用。