本发明提供了一种浅沟槽隔离结构及其制造方法和半导体器件，所述浅沟槽隔离结构的制造方法包括：形成垫氧化层和硬掩模层于一衬底上，并依次刻蚀所述硬掩模层、垫氧化层和衬底，以形成沟槽；依次对所述硬掩模层和所述垫氧化层进行回刻蚀，以获得所述沟槽的侧壁顶部的顶角；采用氢氧化铵、过氧化氢和水的混合溶液对所述顶角进行刻蚀，以获得圆角；形成线氧化层于所述沟槽的底表面和侧壁上；以及，填充隔离氧化层于所述沟槽中。本发明的技术方案使得所述沟槽的侧壁顶部的顶角圆角化，以避免高电场在圆角处集中，进而降低了漏电，改善了反向窄沟道效应。