本实用新型公开了一种用于流行病分析的显微成像系统，包括探头、激光发射模块、信号处理模块、电源模块、无线连接模块、VR眼镜模块和主控模块；激光发射模块通过光纤与探头相连接，所述激光发射模块、信号处理模块、电源模块和无线连接模块均与主控模块相连接，所述信号处理模块连接所述探头中的图像采集元件，无线连接模块用于将显微图像通过无线网络传输至VR眼镜模块。本实用新型采用光片扫描对待测物体进行激发，提高了成像速度和信噪比，降低了光毒性，照明光路单元采用回形光导结构来改变光片方向，激光经由回形光导结构形成的光片视场相对均匀，并通过VR眼镜显示的方式提高了操作过程中的视觉效果。