本发明涉及一种CMOS电路与超导SFQ电路的单片集成方法，其包括：步骤S1，进行CMOS集成电路流片，并沉积第一SiO2钝化层；步骤S2，对所述第一SiO2钝化层进行抛光；步骤S3，进行超导SFQ集成电路流片；步骤S4，制作用于将CMOS集成电路与超导SFQ集成电路互连的接触孔；步骤S5，将所述CMOS集成电路与超导SFQ集成电路互连；步骤S6，在所述步骤S5中所述CMOS集成电路与超导SFQ集成电路互连的部位制作焊盘；步骤S7，对所述第五晶圆进行划片封装。本发明实现CMOS集成电路工艺与超导SFQ集成电路工艺之间的无缝拼接，提高了成品芯片的综合性能，同时也节约了液氦低温环境下复杂的高频互联导致的高昂成本，降低了衬底成本和封装成本。