本发明提供一种二次离子质谱分析曲线的比较方法及装置，用于诊断离子注入是否存在异常，包括以下步骤：S1，微调机台；S2，第一决策阶段，机台进行离子注入剂量偏差自校验，若离子注入剂量偏差小于1％，则转到步骤S3，若离子注入剂量差大于等于1％，则转到步骤S1；S3，进行异常点检测与剔除；S4，进行曲线平滑处理并进行模型诊断；S5，计算相关的非参数量化指标并按照该指标进行二次离子质谱分析曲线的比较；S6，若所述指标满足阈值，则该次离子注入正常；若不满足阈值，则该次离子注入异常，转到步骤S1。解决现有技术中二次离子质谱分析曲线的比较参数过于主观，离子注入结果分析不全面的问题，有效的实现早期检测和指导从业人员及时制定解决方案，减少偏差的影响。