本发明公开了一种集成电路程序烧录方法、可读存储介质和烧录系统，通过公钥和私钥对密钥信息进行加密，并且再用密钥进行程序的加密，经过两次的加密过程，能够提高程序在传输中的安全性，不利于被第三方截取破解。解决了在第三方用户获取到密钥之后容易进行程序的破解，或采用反编译窃取到程序开发者的源程序，从而造成程序开发者的利益损害，不利于知识产权的保护的问题，提高了烧录程序中的安全性。并且通过移动终端作为烧录系统的主机，解决了携带烧录设备不方便的问题，用户可通过移动终端和体积较小的烧录头便可完成芯片烧录工作。