本发明提供半导体器件及其制作方法，本发明将两片晶圆键合后进行减薄；再通过两次刻蚀过程在不同区域分别形成第一晶圆金属层和第二晶圆金属层上方的开孔，位于上部第一晶圆的衬底在两个开孔处暴露，通过对暴露处进行刻蚀，使暴露处的衬底侧壁向内侧刻蚀，之后形成隔离层保护凹陷部，最后形成互连层分别与两晶圆的金属层电连接，实现两晶圆的金属互连。本发明采用刻蚀使第一晶圆暴露的衬底向内凹陷，有效避免了隔离层在随后的干法刻蚀过程中被损伤，确保隔离层在后续工艺中起到隔离互连层的作用，由此可改善了器件的良率和性能。