本发明公开了一种阻燃环氧腻子及其制备方法和应用，该阻燃环氧腻子由按重量百分比计的下述原料制备而成：环氧树脂20～60％；改性芳纶短切纤维1～10％；环氧固化剂5～30％；阻燃剂1～20％；活性稀释剂5～20％；填料3～40％；助剂0.5～5％；颜料0～3％；所述改性芳纶短切纤维由芳纶短切纤维用甲苯二异氰酸酯改性得到。本发明的环氧腻子力学性能、耐热性能、阻燃性能、耐盐雾性能优异，可提高填充后板材的综合性能，其使用范围广，可用于蜂窝夹芯板的拼接、嵌件、边缘及需加工部位的填充。