本发明涉及一种本地桌面和远程虚拟桌面同步方法、系统及使用方法，其中，对本地桌面数据进行逻辑分层，形成逻辑层，如操作系统层、应用软件层、用户数据层和用户设置层，二者同步时，至少用户数据层数据与远程虚拟桌面数据保持同步，所述远程虚拟桌面数据同样逻辑分层，并且，远程虚拟桌面数据和本地桌面上的对应逻辑层的数据采用去重技术保持同步，仅传输相应逻辑层中不相同的数据。本发明使得用户可以在不同的计算机设备上使用同一个桌面；且系统成本更低，同时不存在“启动风暴”问题；另外，远程虚拟桌面数据同步到用户的计算机设备上之后，使用的是该计算机设备上的硬件资源，能充分利用现有的计算机设备硬件资源。